已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAPSPACY]。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAPSPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利斯。正是因为来自波利斯的定期联络突然被中止。而原因却不明……不久到达波利斯的4名队员，等待着他们的却是波利斯已被荒废的惨状。4人正准备调查此事时，面前出现了巨大的身影……那是以前在地球出现过，但是大部分人认定现在已经灭亡了的怪兽！！！就在同一时刻出现了能够驾驭怪兽的青年——（レイ）零他到底是什么人？想象一下！激烈程度达到顶点的战斗就要开始了──！

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最强战士贝利奥斯因为渴望人工太阳火炬的力量而坠入黑暗，但他的叛乱最终被奥特之王平定，并被打进宇宙监狱…… 多年以后，被扎布拉星人救出的贝利奥斯重回光之国，打败了众奥特战士，成功夺走人工太阳火炬并到怪兽墓场去。失去了火炬的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的就只有梦比优斯、初代和赛文。 此时，盘龙号在特顿星遭遇怪兽的袭击。在雷将怪兽消灭后，梦比优斯把雷带走，并向他求救。两人与初代、塞文会合后，便一同前往怪兽墓场……其后，盘龙号再次遭受怪兽袭击，而此次被戴拿出手相救。在杰顿星人口中得知奥特之星的灾难后，盘龙号也飞往怪兽墓场…… 另一方面，在K76行星接受雷欧兄弟特训的赛文之子·ZERO在听闻奥特之星的危机后，也动身到怪兽墓场……